Ajax

Justin Kluivert bắt đầu chơi bóng khi ở đội trẻ của SSV Diemen.Đến năm 2007 anh gia nhập lò đào tạo của Ajax . Kluivert được đôn lên đội trẻ Ajax Amsterdam.[4] Anh có trận đấu ra mắt Eerste Divisie cùng với Jong Ajax vào ngày 16 tháng 9 năm 2016 trong trận đấu gặp MVV. Anh vào sân thay thế Vince Gino Dekker ở phút 67, trong trận thua 1–0 trên sân khách.[5] Anh ra mắt đội một tại Eredivisie vào ngày 15 tháng 1 năm 2017 trong trận thắng 1–3 trên sân của PEC Zwolle, khi vào sân thay Amin Younes phút 39.[6] Anh ghi bàn thắng đầu tiên tại Eredivisie vào ngày 19 tháng 3 năm 2017 trong trận đấu trên sân khách gặp SBV Excelsior, đúng 10 năm 1 ngày sau bàn thắng cuối cùng của cha anh. Trận đấu kết thúc với tỉ số hòa 1–1.[7]

Roma

Ngày 12/6/2018, Kluivert gia nhập AS Roma sau khi cha anh nhận được cuộc gọi từ huyền thoại Francesco Totti. Mức phí chuyển nhượng trong thương vụ này là 18,75 triệu euro. Qua đó giúp anh trở thành cầu thủ Hà Lan thứ 5 trong lịch sử khoác áo Roma.Anh chọn chiếc áo số 34 để tri ân người đồng đội cũ Abdelhak Nouri,Abdelhak Nouri đã bị đột quỵ do truỵ tim ngay trên sân trong một trận đấu tập trước mùa giải hè năm 2017.Kluivert trở thành cầu thủ Roma trẻ nhất ghi bàn tại UEFA Champions League sau khi ghi bàn thắng thứ tư trong chiến thắng 5–0 trên sân nhà trước Viktoria Plzeň vào ngày 3 tháng 10 năm 2018.Đây cũng là bàn thắng đầu tiên anh ghi cho Roma.Vào ngày 16 tháng 12, anh ghi bàn lần đầu tiên tại Serie A trong chiến thắng 3–2 trên sân nhà trước Genoa

Ở mùa giải 2019–20,Kluivert đổi số áo thành 99, tượng trưng cho năm sinh của anh.

RB Leipzig(cho mượn)

Vào ngày 5 tháng 10 năm 2020, Kluivert gia nhập câu lạc bộ RB Leipzig theo dạng cho mượn kéo dài một mùa giải .  Vào ngày 5 tháng 12, anh ghi bàn thắng đầu tiên tại Bundesliga trong trận hòa 3–3 trên sân khách trước Bayern Munich .  Vào ngày 8 tháng 12, anh ghi một bàn thắng trong chiến thắng 3–2 trước Manchester United tại UEFA Champions League 2020–21.

Nice (cho mượn)

Vào ngày 20 tháng 7 năm 2021, Kluivert gia nhập câu lạc bộ Nice của Pháp dưới dạng cho mượn kéo dài một mùa giải